宝宝发烧39度开空调是否盖被子应当根据实际情况而定。体温上升期，寒战的时候应盖上被子，高热持续期，体温下降期不应盖被子。
发烧是人体受到内源性或外源性致热原刺激后而引发的一种保护性反应。宝宝低烧期间全身症状可能并不会很明显，这个时候可以用温水给宝宝擦拭身体后盖上薄被盖，并不需要盖太多被子，以免导致婴儿捂热综合症。
发烧期间除了用温水毛巾给宝宝擦拭，也需要适量饮水补液，高烧期间可以适当的解开宝宝的衣物，这样有助于体表热量的散发，从而对于退烧可以起到一定的辅助作用。中度发烧或高烧期间，如果过多地给宝宝盖被子，容易导致热量在人体内蓄积，可能会导致宝宝体温进一步上升，影响退烧效果。
宝宝发烧，一定要到医院进行正规治疗，以免延误疾病的诊疗，造成危险。